Postdoctoraal onderzoeker Humane Genetica

Voor iCNS werken we aan een neuropsychiatrische atlas waarin klinische, genetische en neuropathologische gegevens worden gecombineerd met multimodale moleculaire metingen (bulk- en single-cell RNA-sequencing, long- en short-read sequencing, proteomics en meer). Deze unieke, veelzijdige dataset biedt volop mogelijkheden voor onderzoek. De klinische gegevens worden afkomstig uit zorgdossiers die toegankelijk zijn via Large Language Models (LLM's), niet iedere analyse is beschikbaar voor elk monster, de metingen vinden plaats op verschillende niveaus (bulk-/klinische gegevens op donorniveau versus single-cell gegevens op celniveau), en daarnaast is er een schat aan aanvullende openbare datasets beschikbaar (zoals psychENCODE, single-cell hersenatlassen en grootschalige perturbatiescreens) die kunnen worden geïntegreerd. Het centrale thema van deze functie is multimodale en multiscale modellering van genomische gegevens bij neuropsychiatrische aandoeningen, met als doel moleculaire signaturen en kandidaat-doelen te identificeren. Daarnaast willen we nadrukkelijk ruimte bieden om de richting van het project mede vorm te geven op basis van jouw eigen interesses en expertise. Voortbouwend op eerder werk van onze onderzoeksgroep op het gebied van multi-modale en single-cell/spatiale data-integratie (zoals SpaGE, SIRV, scAGG en CPP) zijn mogelijke onderzoeksrichtingen onder andere: Multimodale integratie: het leren van gezamenlijke representaties over heterogene en gedeeltelijk overlappende datatypen. Multiscale integratie: het koppelen van bulk-/klinische gegevens aan single-cell metingen om verbanden te leggen tussen informatie op patiënt-, monster- en celniveau. Koppeling van patiënt- en perturbatiedata: het integreren van observationele single-cell atlassen met in-vitro perturbatiedata om kandidaat-doelen te identificeren en te prioriteren. Wij verwachten dat de nadruk binnen deze onderzoeksrichtingen, evenals de exacte methoden die worden toegepast, gedurende het project in overleg met jou verder zal worden bepaald.

Complexe datasets en methodologische vraagstukken pak je analytisch en zelfstandig aan. Tegelijkertijd zoek je actief de samenwerking met onderzoekers uit verschillende disciplines en instellingen. Ideeën en onderzoeksresultaten weet je helder over te brengen binnen een interdisciplinair, multi-site consortium. Daarnaast beschik je over: Een PhD in (bio)informatica, computationele biologie, computer science, biomedische wetenschappen, statistiek of een gerelateerd kwantitatief vakgebied. Sterke programmeervaardigheden, bijvoorbeeld in Python en/of R, ervaring met machine learning of deep learning en high-performance computing. Bij voorkeur ervaring met de analyse van single-cell en spatial genomics-data. Bij voorkeur affiniteit met neurowetenschappen, psychiatrische aandoeningen en/of het analyseren van ongestructureerde zorgdata. Goede communicatieve vaardigheden en een samenwerkingsgerichte instelling. Je werkt immers binnen een interdisciplinair consortium met meerdere onderzoekslocaties.

Door gezondheid gedreven; dat is onze missie. Dit geldt uiteraard niet alleen voor onze patiënten maar ook voor onze medewerkers. We streven naar een veilige, inclusieve en gelijkwaardige werkomgeving waarin talentontwikkeling en verbindend leiderschap centraal staan. Om te kunnen blijven leren en ontwikkelen bieden wij interne opleidingen en bijscholing aan. Daarnaast heb je recht op een eindejaarsuitkering (8,3%), vakantiegeld, fietsregeling, sportbudget, thuiswerkvergoeding en een uitstekende reiskostenregeling voor woon-werkverkeer. Ook ben je als medewerker van het LUMC aangesloten bij het ABP pensioenfonds. Dit betekent dat maar liefst 70% van je pensioenpremie betaald wordt door het LUMC en je daardoor netto meer salaris over houdt. Wel zo fijn Bekijk alle arbeidsvoorwaarden van het LUMC.

De afdeling Humane Genetica is een toonaangevende onderzoeksafdeling waar onder andere wetenschappelijk onderzoek wordt vertaald naar klinische toepassingen. Onder leiding van prof. dr. Silvère van der Maarel wordt gewerkt aan de genetische aspecten van erfelijke en verworven ziekten. Wat deze afdeling bijzonder maakt, is de dynamiek. Met zo’n 220 collega’s uit binnen- en buitenland – van studenten en stagiaires tot ervaren onderzoekers en hoogleraren – werk je in een omgeving waar verschillende perspectieven samenkomen. De 24 onderzoeksgroepen zijn verdeeld over vier onderzoekslijnen, wat zorgt voor een brede en inspirerende werkomgeving. Je maakt deelt uit van de groep van dr. Ahmed Mahfouz bij het LUMC, die ELLIS-lid is en tevens verbonden is aan de Pattern Recognition and Bioinformatics-groep van de TU Delft. Binnen iCNS werk je nauw samen met dr. Inge Holtman (UMCG) en andere iCNS-partners als onderdeel van een volledig geïntegreerd, projectteam dat meerdere instellingen omvat. Over iCNS: Het Institute for Chemical Neuroscience (iCNS) heeft als doel moleculaire veranderingen in het menselijk brein te ontdekken die ten grondslag liggen aan psychiatrische symptomen en/of symptoomclusters, zoals depressie, angst en psychose. In een door NWO ondersteund Zwaartekracht-consortium werken neurobiologen, chemici, psychiaters en data scientists nauw samen aan het unieke en goed gedocumenteerde menselijke hersenweefsel van de Nederlandse Hersenbank (Netherlands Brain Bank). Jonge wetenschappers worden verder opgeleid in het combineren van chemie, kunstmatige intelligentie en neurobiologie. Uiteindelijk zal het interdisciplinaire onderzoek van iCNS leiden tot een moleculaire ‘hersenatlas’ van psychiatrische symptomen, en tot nieuwe aanknopingspunten en benaderingen om de toekomstige diagnose, prognose en mogelijke behandeling van psychiatrische aandoeningen te verbeteren.

Als academisch medisch centrum streeft het LUMC naar een medewerkersbestand dat een goede afspiegeling is van de samenleving. Wij zetten ons in voor de hoogste kwaliteit op het gebied van gezondheidszorg, onderwijs en (internationaal) onderzoek, waarbij diverse perspectieven van cruciaal belang zijn. Duurzaamheid staat bij ons ook hoog in het vaandel: we zetten ons in voor een gezonde toekomst, niet alleen voor mensen, maar ook voor de planeet. In lijn met deze waarden willen we een creatieve en inspirerende werkplek zijn, waar het voor ons van essentieel belang is dat iedereen zich thuis, veilig en erkend voelt. Bij ons draait het om wie je bent en wat je bijdraagt, ongeacht je achtergrond. Samen werken wij aan een duurzame en inclusieve toekomst, zowel voor de mensen om ons heen als voor de wereld waarin we leven. Samen zijn wij LUMC.